其它新建文件的方式

nano类似于Windows下记事本的功能，nano filename就可以新建一个文件，并在里面写内容；ctrl+x退出，根据提示按Y保存。

vim 功能更强大的文本编辑器。vim filename就可以新建一个文件, 敲击键盘字母i，进入写作模式。写完后，敲击键盘Esc, 退出写作模式，然后输入:w (会显示在屏幕左下角)，回车保存。vim的常用方法，以后会单写一个，这里点到为止。

Linux下文件操作

常用的文件操作有移动文件到另一个文件夹、复制文件到另一个文件夹、文件重命名等。

cp (copy): 拷贝文件或文件夹 (cp -r 拷贝文件夹时的参数，递归拷贝)

# 列出当前目录下有的文件和文件夹
ct@ehbio:~$ ls
data
# 新建一个文件夹
ct@ehbio:~$ mkdir ehbio_project
# 列出当前目录下有的文件和文件夹, 及其子文件夹的内容
# data目录下有一个文件，ehbio_project目录下无文件
ct@ehbio:~$ ls *
data:
test.fa
ehbio_project:
# 拷贝data目录下的文件test.fa到ehbio_project目录下
ct@ehbio:~$ cp data/test.fa ehbio_project/
# 列出当前目录下有的文件和文件夹, 及其子文件夹的内容
# data目录下有一个文件，ehbio_project目录下无文件
ct@ehbio:~$ ls *
data:
test.fa
ehbio_project:
test.fa

mv (move): 移动文件或文件夹

# 重命名data目录下的文件test.fa为first.fa
# mv除了可以移动文件，也可以做单个文件的重命名
ct@ehbio:~$ mv data/test.fa data/first.fa
# 列出当前目录下有的文件和文件夹,  及其子文件夹的内容
ct@ehbio:~$ ls *
data:
first.fa
ehbio_project:
test.fa

rename: 文件重命名 (常用于批量重命名，不同的系统可能用法略有不同，使用前先man rename查看使用方法)

# 进入另一个目录
ct@ehbio:~$ cd ehbio_project/
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
test.fa
# 给文件做一份拷贝
ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa second.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
second.fa  test.fa
# 给文件多拷贝几次，无聊的操作，就是为了给rename提供发挥作用的机会
ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test2.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test3.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test4.fa
# cp 后面需要2个参数，被拷贝的文件和要被拷贝到的目录或文件
# 出现下面的错误，表示缺少目标路径或文件
ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp ehbio.fa 
cp: 在" ehbio.fa"  后缺少了要操作的目标文件
Try 'cp --help' for more information.
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
second.fa  test2.fa  test3.fa  test4.fa  test.fa
# 用rename进行文件批量重命名
ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'test' 'ehbio' test*.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
ehbio2.fa  ehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio.fa  second.fa

ln (link): 给文件建立快捷方式 (ln -s source_file target 创建软连接)。

在建立软连接时，原文件要使用全路径。全路径指以/开头的路径。

建立软连接，是为了在不增加硬盘存储的情况下，简化文件访问方式的一个办法。把其它文件夹下的文件链接到当前目录，使用时只需要写文件的名字就可以了，不需要再写长串的目录了。

../: 表示上一层目录；../../: 表示上面两层目录

pwd (print current/working directory): 输出当前所在的目录

`为键盘Esc下第一个按键 (与家目录~符号同一个键)，写在反引号内的命令会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置

# 建立软连接，把当前目录下的ehbio2.fa，链接到上一层目录的data下面
# 这是一个无效的软连接，
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s ehbio2.fa ../data
# 在使用ls查看时，无效的软连接的文件名下面是黑色的背景。
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct   9 6月   9 17:55 ehbio2.fa -> ehbio2.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 first.fa
# 输出当前所在的目录
ct@ehbio:~/ehbio_project$ pwd
/home/ct/ehbio_project
# 建立软连接时，原始文件一定使用全路径。全路径指以/开头的路径。
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa ../data
ln: 无法创建符号链接" ../data/ehbio2.fa" : 文件已存在
# 上面的错误信息时，已经存在这么一个链接了（虽然是无效的），但再建新的链接时还会提示
# 使用`-f` (force)强制覆盖已有的链接
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -fs `pwd`/ehbio2.fa ../data
# 再次查看时，就正常了。文件名下面没有了背景色，并且有个右箭头指向原始文件
# `lrwxrwxrwx`中的`l`表示软连接。
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct  32 6月   9 17:56 ehbio2.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 first.fa
# 通常为了简化写法，使用`pwd`代替全路径
# `为键盘Esc下面的按键，写在反引号内的命令会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s `pwd`/ehbio2.fa ../data
ln: 无法创建符号链接" ../data/ehbio2.fa" : 文件已存在
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -fs `pwd`/ehbio2.fa ../data
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct  32 6月   9 17:56 ehbio2.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 first.fa