Materials Studio Linux集群安装手册

一、安装Linux操作系统，进行系统配置

一般都建议最小化安装，不用安装图形界面。下面我以red hat enterprise linux 6.0 x86-64在AMD Athlon(tm)64 X2 Dual Core Processor 4400+ 电脑上的安装为例。rhel6.0的安装过程和windows差不多，一路下一步（或Next）基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在Red Hat Enterprise Linux 的默认安装是基本服务器安装。如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站(或Software Development Workstation），这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义(或 Customize now)，再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个msi用户，root和msi用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，我是root和msi用的一个密码，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样课题提高系统的安全性。

gcc

glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit)

libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)

libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)

compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit)

hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64

这几个补丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit)没有装上之外，别的都给你装好了。这里要说的是，这些补丁每个节点都要装，千万记住。你可以用命令： rpm -qa|grep gcc查询，当然你要查libstdc++就要用命令：rpm -qa|grep libstdc++了。对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit)的安装可以用命令rpm安装，首先切换到这两个软件包所在的目录下，执行下列命令，格式如下：

rpm -ivh libstdc++-33-3.4.6-11.i386.rpm

rpm -ivh hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm

注意，这里都是在root用户执行的操作

二. 为msi用户添加sudo命令使用权限，运行命令 su root，输入root用户的登录密码后，使用vi命令进行下面的修改：

在root权限下，运行命令：vi /etc/sudoers

#在root ALL=(ALL) ALL这一行下面添加一行msi ALL=(ALL) ALL

然后运行命令：:wq！

#在命令模式下，强制执行存盘退出操作

注：修改后，则成功添加msi用户使用sudo命令的权限，在往后的安装中可方便进行提权操作。

三. 于各节点安装HP-MPI，安装方法：

a. 挂载MS安装光盘，对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息：

1.UNIX/Linux/hpmpi/ for older IA32 Linux a
2.UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/ for IA32 Linux systems with x86_64 a
3.UNIX/Linux_IA64/hpmpi/ for IA64 Linux.a

b. 安装时需要使用root用户进行安装，终端运行su root后输入密码登录为root，使用下面安装命令：

rpm -ivh /UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm

c. 安装后出现下面提示即成功安装

四．查看各节点网络状态，修改主机名

可以使用ifconfig命令，查看各个节点的网络状态。rhel6.0开机后网络是处于禁用状态，要激活网络接口，可以使用命令：ifcfg eth0 start或ifup eth0。一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机的网卡，如果由于网卡太新没有认出来，那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了，网上教程很多很容易掌握。使用hostname指令设置主机名。在命令行中输入下面的命令：hostname msinode1

注意：使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效，重启系统后将使用原来的主机名称。如果希望启动系统后生效，则需要修改文件“/etc/hosts”。

五. 配置SSH免认证登录，配置过程：

a. SSH免认证登录的配置：

i. 测试是否已经安装SSH，于终端（Terminal）中输入ssh localhost后回车，若出现下面提示：

则表示已经安装SSH。若提示失败，则需要放入安装光盘进行安装。

ii. 于终端中输入ssh-keygen -t rsa，此时它会提示你生成SSH的密钥。

http://ce.sysu.edu.cn/hope/Education/UploadFiles_5303/201101/2011012117094770.png

iii. 此时无须设置密码，你只需要点击回车就可以了，生成的公钥和私钥会保存~/.ssh/目录下。

iv. 进入目录~/.ssh/（命令：cd ~/.ssh/），运行命令：

cp id_rsa.pub authorized_keys，将公钥进行复制

v. 同样地，在其他节点上运行上面的命令，将各节点中得到的authorized_key中的内容复制出来，汇总到一个文件中，命名为authorized_key，并放置于各节点的~/.ssh/目录下（覆盖原有文件）。

#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理，就像处理word文档一样复制粘贴就行了，每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。

vi. 修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限，运行命令：

1：chmod 600 *

2：chmod 700 .

vii. 再修改home目录的权限为只读，运行命令：

1：cd ~

2：chmod 755 .

viii. 在各节点的对应目录重复以上命令，如成功的话，对localhost（或者其他节点机器名）进行ssh连接则不会再出现密码提示。

1：sudo vi /etc/hosts

ix. 为加快SSH连接速度，使用 vi 命令（需要root权限）修改各个节点的 /etc/hosts文件，运行下列命令：

1：sudo vi /etc/hosts

显示如下：

1：# Do not remove the following line, or various programs

2：# that require network functionality will fail.

3：127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

4：::1 localhost6.localdomain6 localhost6

5：192.168.2.160 mscnode1

6：192.168.2.161 mscnode2

x. 将127.0.0.1后对应的主机名删除，添加集群中各节点的IP地址和机器名，保存后退出即可，示例如下所示：

1：# Do not remove the following line, or various programs

2：# that require network functionality will fail.

3：#127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

4：192.168.128.160 mscnode1

5：192.168.128.161 mscnode2

6：:w #保存，如果显示无法保存可以在w后加！强制执行

7：:q #退出

xi. SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。

六. 以集群模式安装MS

1. 先将MS文件上传到主节点。可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。

2. 上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令示例如下：

1：mkdir /mnt/iso

2：mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso

3. 在主节点上切换到MS安装用户，这里用的是hope，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行

1：./Install --type cluster

2：或是直接./mnt/iso/UNIX/Install --type cluster

--type cluster这个参数是并行时必须加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。

4. 如果执行上述命令后出现无法安装的提示，可使用下列命令进行提权：

1：chmod 777 /mnt/iso/ -R

5. 安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。

比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/hope/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。

6. 安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点，方法如下：

1：vi /etc/exports #加入下面一行内容：

2：/home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash)

7. 然后重启nfs服务，service nfs restart。如出现错误提示，则参考《Linux下配置安装NFS》文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。

1）NFS服务所需的套件

（1）portmap

运行命令查询portmap是否安装：rpm –qa |grep portmap

#显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装

（2）nfs-utils

运行命令查询nfs-utils是否安装：rpm –qa |grep nfs-utils

#显示一下内容表示已正确安装

nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22

nfs-utils-1.0.9-33.el5

2）启动NFS服务

NFS服务要正常运行，必须先启动portmap服务。使用以下命令就可以启动NFS服务：

service portmap start

service nfs start

3）停止NFS服务：

service smb stop

4）重启NFS服务

service smb restart

8. 然后到其他节点上使用root用户登录，执行挂载命令：

1：mount -t nfs 主节点名或iP地址:/home/hope/Accelrys/ /home/hope/Accelrys/

若出现错误提示，则检查该节点是否已经新建Accelrys文件夹、防火墙是否已经关闭以及SELinux功能是否已经关闭。9. 导入证书。在安装光盘中找到msi.lic文件，将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。在Terminal中运行：

1：./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin

然后在图形界面下进行证书的导入。

如果没有图形界面的话，使用下面命令可以启用命令行的

Licenses administration Tools：

1：<MS_INSTALL>/bin/license_admin -cw or

2： <MS_INSTALL>/bin/license_admin --console-wizard

3： <MS_INSTALL>即MS的安装目录

10. 修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。

11. 修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。

12. 重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行

1：./msgateway_control_18888 restart

13. 由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话，可执行下面的命令：

1：cp /home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888 #接上一行

2：再执行命令：/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888

14. 至此，MS的集群安装基本完成

15. 备注：

1. 防火墙配置要注意，测试时请先关闭防火墙及SELinux

Linux关闭防火墙

1）重启后永久性生效：

开启时执行命令： chkconfig iptables on

关闭时执行命令： chkconfig iptables off

2）即时生效，重启后失效：

开启时执行命令： service iptables start

关闭时执行命令：service iptables stop

关闭SELinux的方法：

修改/etc/selinux/config文件中的SELINUX="0" 为 disabled ，然后重启。如果不想重启系统，使用命令setenforce 0。

#也可以在X-windows下进行配置

2. SSH免认证配置需要仔细进行权限配置，一般出问题了都是权限的问题。

3. 上述过程中，NFS和Portmap服务没有注册为自动启动，nfs共享目录也没有进行自动挂载，当节点关机后需要重新进行挂载。同样，License服务也没有注册为系统服务，重启后可能需要重新启动License认证服务。
4. 关于Lniux的安装过程以及VMTools的安装待续。

七. 在windows下添加materials studio集群计算的Gateway

1. 打开Tools下的Server Console

2. 新建一个Server Gateway

3. 在下图中输入主节点的IP地址，再Run Diagnostics，如果显示SUCCESS，再点ok，完成windows和linux集群的连接

4．在linux下输入文件名或路径的时候可以输头几个字母，在按Tab键进行自动补齐，可以提高工作效率，“#”后的都表示注解内容